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黑木耳新法代用料栽培，一般从接种到收成约需要100—120天。采收时要注意观察，待耳片成熟后再采收，否则影响产量。其方法是：
1是成熟度的鉴别，正在生长中的黑木耳，其颜色深褐，耳片向内卷曲，耳片肥厚，富有弹性，耳基扁宽。待耳子转淡，耳片平展变软，耳基收缩，腹面开始产生白色的孢子粉时，证明木耳已经成熟，应及时采收。
2是袋栽木耳采收前停止喷水1—2天，让耳片半干， 使表面水分减少，柔软时采摘不易破碎，又有利于晾晒。采时要用手指沿着木耳子实体的边缘插入耳根，用指摘断，对短细、松散的耳柄要一起摘下，以免残根烂耳。采收木耳后，要去除耳根上的残存物，以利新菌丝再生；雨后天气初睛，木耳收边时采摘。
一般在晴天的早晨露水未干，木耳软时采摘。采耳时，用手指齐木耳茎部将其摘下，或用小刀或竹签齐根割下，采收容器浅些为好，太深了的话木耳互相挤压，会造成损伤，影响品质。每根耳棒采摘后，要把耳棒上头调到下头。阴面翻到阳面，使它能够均匀地吸收潮气和阳光，避免烂耳。